MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT9547

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017212	GGA	2	6	17	22	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017212	TCT	2	6	50	55	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189579
3	NC_017212	TAG	2	6	247	252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189579
4	NC_017212	CAA	2	6	293	298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384189579
5	NC_017212	TTG	2	6	363	368	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384189579
6	NC_017212	A	6	6	379	384	100 %	0 %	0 %	0 %	384189579
7	NC_017212	GT	3	6	396	401	0 %	50 %	50 %	0 %	384189579
8	NC_017212	ATA	2	6	408	413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189579
9	NC_017212	TATC	2	8	477	484	25 %	50 %	0 %	25 %	384189579
10	NC_017212	ATGA	2	8	488	495	50 %	25 %	25 %	0 %	384189579
11	NC_017212	TAT	2	6	520	525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189579
12	NC_017212	AGG	2	6	538	543	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384189579
13	NC_017212	AAC	2	6	546	551	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384189579
14	NC_017212	ATCG	2	8	602	609	25 %	25 %	25 %	25 %	384189579
15	NC_017212	TACAG	2	10	617	626	40 %	20 %	20 %	20 %	384189579
16	NC_017212	TTA	2	6	648	653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189579
17	NC_017212	GTC	2	6	683	688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384189579
18	NC_017212	TTA	2	6	717	722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189579
19	NC_017212	CTT	2	6	742	747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189579
20	NC_017212	ACT	2	6	826	831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189579
21	NC_017212	A	6	6	859	864	100 %	0 %	0 %	0 %	384189579
22	NC_017212	CTGG	2	8	1086	1093	0 %	25 %	50 %	25 %	384189580
23	NC_017212	GAA	2	6	1166	1171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
24	NC_017212	TCT	2	6	1253	1258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189580
25	NC_017212	TTA	2	6	1274	1279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189580
26	NC_017212	CAA	2	6	1292	1297	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384189580
27	NC_017212	AAT	2	6	1310	1315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189580
28	NC_017212	TTC	2	6	1368	1373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189580
29	NC_017212	TATG	2	8	1378	1385	25 %	50 %	25 %	0 %	384189580
30	NC_017212	AAGCA	2	10	1407	1416	60 %	0 %	20 %	20 %	384189580
31	NC_017212	GTATA	2	10	1435	1444	40 %	40 %	20 %	0 %	384189580
32	NC_017212	A	6	6	1602	1607	100 %	0 %	0 %	0 %	384189580
33	NC_017212	ATG	2	6	1799	1804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189580
34	NC_017212	CAAA	2	8	1811	1818	75 %	0 %	0 %	25 %	384189580
35	NC_017212	A	6	6	1823	1828	100 %	0 %	0 %	0 %	384189580
36	NC_017212	AGCA	2	8	1845	1852	50 %	0 %	25 %	25 %	384189580
37	NC_017212	A	6	6	1859	1864	100 %	0 %	0 %	0 %	384189580
38	NC_017212	TTA	2	6	1887	1892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189580
39	NC_017212	GAA	2	6	1991	1996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
40	NC_017212	AAC	2	6	2001	2006	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384189580
41	NC_017212	TTA	2	6	2084	2089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189580
42	NC_017212	CGA	2	6	2109	2114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384189580
43	NC_017212	TGAAT	2	10	2155	2164	40 %	40 %	20 %	0 %	384189580
44	NC_017212	ATG	3	9	2238	2246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189580
45	NC_017212	TAT	2	6	2267	2272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189580
46	NC_017212	CAT	2	6	2342	2347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189580
47	NC_017212	TGA	2	6	2356	2361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189580
48	NC_017212	ATG	2	6	2376	2381	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189580
49	NC_017212	TA	3	6	2441	2446	50 %	50 %	0 %	0 %	384189580
50	NC_017212	A	6	6	2491	2496	100 %	0 %	0 %	0 %	384189580
51	NC_017212	AGA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
52	NC_017212	CTT	2	6	2594	2599	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189580
53	NC_017212	CAAT	2	8	2692	2699	50 %	25 %	0 %	25 %	384189580
54	NC_017212	ATG	3	9	2838	2846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189580
55	NC_017212	ATC	2	6	2899	2904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189580
56	NC_017212	CTT	3	9	2925	2933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189580
57	NC_017212	TAC	2	6	3067	3072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189580
58	NC_017212	CTT	2	6	3107	3112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189580
59	NC_017212	CAT	2	6	3113	3118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189580
60	NC_017212	GAA	2	6	3137	3142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
61	NC_017212	AC	3	6	3188	3193	50 %	0 %	0 %	50 %	384189580
62	NC_017212	TTG	2	6	3194	3199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384189580
63	NC_017212	CTC	2	6	3213	3218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384189580
64	NC_017212	T	6	6	3246	3251	0 %	100 %	0 %	0 %	384189580
65	NC_017212	TGG	2	6	3259	3264	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384189580
66	NC_017212	AGA	2	6	3265	3270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
67	NC_017212	TAA	2	6	3318	3323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189580
68	NC_017212	TAA	2	6	3496	3501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189580
69	NC_017212	TAAA	2	8	3531	3538	75 %	25 %	0 %	0 %	384189580
70	NC_017212	CAAT	2	8	3546	3553	50 %	25 %	0 %	25 %	384189580
71	NC_017212	T	6	6	3572	3577	0 %	100 %	0 %	0 %	384189580
72	NC_017212	ATT	2	6	3647	3652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189580
73	NC_017212	GT	3	6	3663	3668	0 %	50 %	50 %	0 %	384189580
74	NC_017212	TA	3	6	3678	3683	50 %	50 %	0 %	0 %	384189580
75	NC_017212	AGA	2	6	3697	3702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
76	NC_017212	AGA	2	6	3727	3732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384189580
77	NC_017212	A	6	6	3886	3891	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017212	T	7	7	3904	3910	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017212	T	6	6	3939	3944	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017212	TAAA	2	8	3959	3966	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017212	CAT	2	6	4005	4010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017212	T	10	10	4021	4030	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017212	TCC	2	6	4040	4045	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017212	ATT	2	6	4049	4054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017212	GAACCA	2	12	4157	4168	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384189581
86	NC_017212	T	7	7	4211	4217	0 %	100 %	0 %	0 %	384189581
87	NC_017212	TAAA	2	8	4246	4253	75 %	25 %	0 %	0 %	384189581
88	NC_017212	AGT	2	6	4273	4278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384189581
89	NC_017212	TTG	2	6	4402	4407	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384189581
90	NC_017212	CTA	2	6	4473	4478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189581
91	NC_017212	CTG	2	6	4482	4487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384189581
92	NC_017212	AT	3	6	4509	4514	50 %	50 %	0 %	0 %	384189581
93	NC_017212	TCA	2	6	4562	4567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384189581
94	NC_017212	ATT	2	6	4603	4608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384189581
95	NC_017212	CATT	2	8	4619	4626	25 %	50 %	0 %	25 %	384189581
96	NC_017212	AT	3	6	4672	4677	50 %	50 %	0 %	0 %	384189581
97	NC_017212	TTC	2	6	4687	4692	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189581
98	NC_017212	CATT	2	8	4709	4716	25 %	50 %	0 %	25 %	384189581
99	NC_017212	CTT	2	6	4746	4751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189581
100	NC_017212	AAT	2	6	4783	4788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189581
101	NC_017212	CAG	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384189581
102	NC_017212	A	6	6	4828	4833	100 %	0 %	0 %	0 %	384189581
103	NC_017212	TAAT	2	8	4851	4858	50 %	50 %	0 %	0 %	384189581
104	NC_017212	T	6	6	4861	4866	0 %	100 %	0 %	0 %	384189581
105	NC_017212	ATT	2	6	4888	4893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017212	TTCAAA	2	12	4929	4940	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017212	A	6	6	4958	4963	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017212	TTA	2	6	4975	4980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017212	AAT	2	6	4985	4990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017212	GAA	2	6	5092	5097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017212	A	6	6	5191	5196	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017212	TA	3	6	5291	5296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017212	GAGAGT	2	12	5297	5308	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017212	CTA	2	6	5316	5321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017212	TTA	2	6	5337	5342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017212	ATTAAA	2	12	5411	5422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017212	A	7	7	5420	5426	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017212	A	6	6	5435	5440	100 %	0 %	0 %	0 %	384189582
119	NC_017212	T	6	6	5454	5459	0 %	100 %	0 %	0 %	384189582
120	NC_017212	ATAA	2	8	5479	5486	75 %	25 %	0 %	0 %	384189582
121	NC_017212	GTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384189582
122	NC_017212	ATA	2	6	5530	5535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189582
123	NC_017212	TAA	2	6	5543	5548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384189582
124	NC_017212	GAAT	2	8	5710	5717	50 %	25 %	25 %	0 %	384189582
125	NC_017212	TACAA	2	10	5724	5733	60 %	20 %	0 %	20 %	384189582
126	NC_017212	TTC	2	6	5781	5786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384189582
127	NC_017212	A	6	6	5793	5798	100 %	0 %	0 %	0 %	384189582
128	NC_017212	ACTTT	2	10	5846	5855	20 %	60 %	0 %	20 %	384189582
129	NC_017212	CTT	3	9	5936	5944	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017212	CTTTT	2	10	5973	5982	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017212	TTA	2	6	6100	6105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017212	AATT	2	8	6118	6125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017212	TAAT	2	8	6141	6148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017212	A	7	7	6160	6166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017212	T	7	7	6218	6224	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017212	TCAT	2	8	6285	6292	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017212	A	7	7	6302	6308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017212	T	7	7	6366	6372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017212	T	6	6	6481	6486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017212	TGA	2	6	6522	6527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017212	CAT	2	6	6566	6571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017212	CTTT	2	8	6601	6608	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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145	NC_017212	A	7	7	6761	6767	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017212	AAC	2	6	6797	6802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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194	NC_017212	ATTA	2	8	9087	9094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017212	A	6	6	9094	9099	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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205	NC_017212	ATAA	2	8	9524	9531	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.